Selain nomenklatur, DPD menginginkan penyesuaian pengaturan tugas alat kelengkapannya. Jika Badan Kehormatan (BK) DPR berubah menjadi Mahkamah Kehormatan (MK) DPR beserta rincian mekanisme dan tata beracaranya dalam RUU MD3, pengaturan tugas alat kelengkapan DPD masih seperti rumusan UU MD3. Tugas Badan Legislasi (Baleg) DPR juga berubah, yaitu menyusun, mengevaluasi, dan menyempurnakan peraturan DPR tapi RUU MD3 mengatur BK DPD yang melakukannya.
DPD menginginkan penyesuaian pengaturan tugas alat kelengkapan DPR-DPD guna menyinkronisasikan mekanisme kerja kedua lembaga perwakilan, termasuk panitia kerja yang pimpinannya terdiri atas satu orang ketua dan dua orang wakil ketua yang dipilih dari dan oleh anggota panitia kerja. Penyesuaian tersebut untuk kepastian hukum dan mekanisme kerja DPD. **
