Menurutnya, keberadaan Freeport di Papua selama ini menjelaskan bahwa kedaulatan RI atas wilayahnya tidaklah penuh. Secara de facto, ada daerah yang tidak dapat disentuh sama sekali, walaupun usaha tersebut berada dalam wilayah kedaulatan Indonesia. Oleh karena itu, Mudrajad menegaskan, sistem ekonomi model IRI perlu masuk ke Freeport. “IRI mensyaratkan bahwa pengelolaan sumberdaya alam harus melibatkan BUMD (Pemerintah Daerah) seluruh Indonesia. Ini sebagaimana diamanatkan oleh Pasal 33 UUD 1945 yang menghendaki bumi, air dan kekayaan alam yang terkandung di dalamnya dikuasai oleh Negara dan dipergunakan untuk sebesar-besarnya kemakmuran rakyat. Sehingga aspek kemakmuran dapat dinikmati oleh rakyat Indonesia dan tidak hanya oleh negara,” ujarnya.
Jika Freeport dimiliki juga oleh BUMD (Pemerintah Daerah) seluruh Indonesia, masih menurut Mudrajad, ancaman terhadap keberadaan Freeport dalam kedaulatan NKRI akan juga dirasakan sebagai ancaman terhadap kepentingan seluruh rakyat Indonesia yang terwakili oleh pemerintah daerah masing-masing. “Secara politik internasional gugatan arbitrase internasional itu menjadi isu politik internasional. Yang digugat tidak hanya negara (pemerintah pusat) tetapi juga rakyat Indonesia. Dan konsep IRI tidak hanya berlaku bagi masa depan Freeport saja tetapi bagi sumberdaya alam atau sumber ekonomi Indonesia lainnya. Amanat Pasal 33 UUD 1945 itu jelas dan tidak ada tawaran lagi. Dengan cara demikian, apa yang dihasilkan oleh Freeport secara langsung juga akan dinikmati oleh rakyat Indonesia,” ujarnya.
