Kewajiban untuk menujukkan surat keterangan bebas COVID-19 dikecualikan bagi penumpang KA antarkota yang sudah mendapat vaksin COVID-19 dosis ketiga (booster).
Bagi anak-anak dengan usia di bawah 6 tahun, dibebaskan dari ketentuan vaksinasi dan wajib didampingi oleh pendamping perjalanan yang telah memenuhi ketentuan vaksin maupun pemeriksaan.
Adapun bagi penumpang KA antarkota yang memiliki kondisi kesehatan tertentu sehingga tidak memungkinkan untuk menerima vaksin, diwajibkan untuk dapat menunjukkan hasil negatif tes RT-PCR dan melampirkan surat keterangan dokter dari Rumah Sakit Pemerintah terkait kondisi kesehatan yang bersangkutan.
Disamping itu, penumpang KA antarkota wajib memiliki aplikasi PeduliLindungi sebagai persyaratan perjalanan.
Lebih lanjut, SE 39 tahun 2022 ini mengatur juga pelaku perjalanan yang menggunakan KA komuter dalam wilayah atau kawasan aglomerasi.
Dalam hal ini, penumpang KA komuter tidak diwajibkan untuk menunjukkan keterangan bebas COVID-19 namun diwajibkan untuk menggunakan aplikasi PeduliLindungi.