Langkah awal yang sudah dicapai dimana BBTKLPP Surabaya telah dinilai oleh Tim Penilai Independen dari Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara sebagai Unit Pelayanan Prima dan telah diassessment oleh Inspektorat Jenderal sebagai UPT percontohan Wilayah Bebas Korupsi.
Untuk diketahui pada awal berdirinya, BBTKLPP Surabaya menjadi laboratorium rujukan pengujian kualitas air dengan melayani sampel uji sebanyak 22 ribu dengan rata-rata 1900 sampel setiap bulan. Sampel uji yang diperiksa yaitu air secara kimia fisika dan mikrobiologi, limbah, udara, radiasi, tanah, makanan minuman, benthos/plankton, dan flora fauna. UPP juga menyumbang Penerimaan Negara Bukan pajak (PNBP).
Sebagai Laboratoium Rujukan, Laboratorium BBTKLPP Surabaya telah menerima akreditasi dari Komite Akreditasi Nasional (KAN) untuk Laboratorium Pengujian Nomor LP-241-IDN dan Laboratorium Kalibrasi LK-144-IDN. Bersama-sama Sucofindo dan Jasa Tirta ditunjuk sebagai laboratorium lingkungan rujukan Propinsi Jawa Timur berdasarkan SK Gubernur Jawa Timur.
No. 188 tahun 2012. BBTKLPP Surabaya juga menjadi laboratorium rujukan sub regional H5N1 karena salah satu instalasinya, yaitu Instalasi Bioteknologi, Media Lingkungan, dan Biomarker yang salah satu unggulannya adalah analisa menggunakan PCR. Antara lain untuk penyakit AI, DBD, Leptospirosis, dan Pes.
