Namun, berdasarkan laporan masyarakat dan media, terdapat kegiatan pertambangan nikel yang mengancam ekosistem Raja Ampat.
KLH/BPLH telah melakukan pengawasan langsung pada 26–31 Mei 2025 di empat perusahaan: PT GN, PT ASP, PT KSM, dan PT MRP.
PT GN berkegiatan di Pulau Gag yang seluruhnya masuk dalam kawasan hutan lindung dan termasuk kategori pulau kecil.
Persetujuan lingkungannya akan ditinjau kembali dan KLH/BPLH akan memerintahkan pemulihan atas dampak ekologis yang terjadi.
PT ASP beroperasi di Pulau Manuran dan Waigeo. Ditemukan adanya pencemaran akibat settling pond yang jebol dan kegiatan di kawasan suaka alam.
KLH/BPLH akan memerintahkan peninjauan ulang izin lingkungan dan melakukan penegakan hukum pidana serta gugatan perdata.
PT KSM melakukan kegiatan di Pulau Kawe, pulau kecil yang berada di kawasan hutan produksi. Pengawasan menemukan kegiatan di luar izin kawasan.
Izin lingkungan akan ditinjau kembali dan proses hukum akan dilakukan atas pelanggaran kehutanan.
PT MRP menjalankan eksplorasi di Pulau Manyaifun dan Batang Pele tanpa dokumen lingkungan dan tanpa Persetujuan Penggunaan Kawasan Hutan (PPKH).
Kegiatannya dihentikan dan langkah hukum akan ditempuh.
KLH/BPLH juga akan menyusun Rencana Tata Ruang Wilayah (RTRW) Provinsi Papua Barat Daya berbasis Kajian Lingkungan Hidup Strategis (KLHS) yang menempatkan perlindungan pesisir dan pulau-pulau kecil sebagai prioritas.
